1838年，29岁的达尔文正站在人生的十字路口。他已经完成了那场决定一生命运的环球考察，五年的航海生活将成为他日后写成《物种起源》的源泉。这本书为进化论的诞生奠定了基础，但此刻，达尔文的思维却停留在另一个问题上：是否应该结婚。18岁那年秋天，达尔文深深地爱上了欧文家的二女儿范妮·欧文。那时，他曾在给表哥的信中写道：范妮，毫无疑问是什罗普郡和伯明翰最美丽、最迷人的女子。当时的达尔文刚刚从爱丁堡医学院退学，准备前往剑桥大学继续学业。在这几个月的空隙里，他以自己喜爱的狩猎活动来度日，而欧文家的大庄园提供了丰富的猎物，成为他频繁造访的理由。狩猎季节，正是英国乡绅和女儿们结识交往的时机，达尔文和范妮的关系也迅速升温。1828年和1829年的暑假，达尔文屡次拜访欧文家，而剑桥的表兄弟们对他迷上甲虫标本的兴趣也深深影响了他。于是，达尔文和范妮的林中幽会，开始加入了寻找甲虫的活动。到了1829年秋季，达尔文20岁时，那份曾经炽热的激情渐渐消退。圣诞节，达尔文宁愿留在剑桥继续采集标本，也不愿去拜访范妮。范妮写信抱怨，并暗示有其他追求者。对此，达尔文没有作任何回应。

1830年，范妮与一位男子订婚，后又解除婚约。翌年，达尔文从剑桥毕业，开始随军舰出航，自此便与范妮断了联系。到了1832年，范妮结婚，然而她的婚姻并不幸福。而在1838年，已经结束了两年船上生活、可以算作功成名就的达尔文，开始认真地思考婚姻的问题。他拿出两张纸，列出了结婚与不结婚的利弊。结婚后，他设想的生活是：有孩子（如果上帝愿意的话），成为彼此的伴侣，年老时共同度过。他认为这远比养狗来得有意义，因为有了伴侣、家庭，甚至是音乐和女性的絮叨，这些都会对健康产生积极的影响。但他也不禁陷入深思：如果人一生忙忙碌碌，最终一无所有，那真是无法忍受的——不，不，不能这样设想！他想象自己孤身一人，孤寂地在伦敦的一间脏乱房子里度过一生；接着又设想，和温柔的妻子一起坐在沙发上，炉火旁，书籍相伴，可能还有音乐的陪伴，这一切与大马尔伯勒街肮脏现实形成鲜明对比。至于不结婚，达尔文的设想也并非完全光鲜：没有孩子，没有人照料，老年时孤独无依；可以随心所欲去任何地方，社交活动也许会较少，俱乐部中听听聪明人的谈话；无需应付亲戚，无需为家庭琐事烦恼，没有孩子需要抚养和教育，亦无需争吵；可是，若他没有责任感和家庭，他可能会变得懒散、焦虑，甚至无法再享受安静的阅读时光。最终，他在纸的背后写下总结：如果明天结婚，生活将充满无尽的烦恼和开销——找房子、买家具、布置新家，甚至是早晨亲友的拜访。这一切让他感到不安，但他意识到，孤独的生活是无法忍受的，特别是在年老时没有朋友和子女。于是，达尔文作出了决定，结婚。

他背后有几重原因。一是他母亲去世后，作为家族唯一的男性后代，他有了传宗接代的责任；二是五年的环球考察让他深刻体会到大自然的教育，他意识到自己需要更多的陪伴；三是尽管拥有丰厚的科学成就，他仍然感到孤独，尤其是在船上，身边只有佣人和岩石样品，生活单调得如同隐士一般。上帝呀，这样的生活是多么无聊啊！只有佣人为我做饭，送来我需要的样品，这简直就像是隐士生活，而不是正常人的生活。于是，剩下的唯一问题就是，和谁结婚。

有人建议他找一个志同道合的女性知识分子。他甚至一度打算在《泰晤士报》上发布征婚启事，但很快，他想起了自己的一位表姐——艾玛，她和他同龄，依旧单身。1838年11月，达尔文向艾玛求婚，艾玛立刻答应了。两家人都表示满意，迅速达成了协议：艾玛将带来5000英镑的嫁妆，岳父每年提供400英镑的零花钱，而达尔文的父亲则为他们提供10000英镑的投资基金。如果投资得当，这笔钱每年可以带来10%的回报，意味着他们每年将有大约2000英镑的收入，这在当时是非常丰厚的收入，远高于一名普通医生或律师的年收入。这样一来，达尔文无需再从事任何其他工作，可以专心致志地进行科学研究。唯一的问题是，他们的婚姻将是近亲结婚——这一点在优生学的创始人高尔顿看来显得尤为敏感。高尔顿曾指出，达尔文家族中的近亲婚姻导致了许多遗传缺陷，其中艾玛的妹妹便是侏儒。然而，达尔文对此并不在意，他依然决定与艾玛结婚。

1839年1月29日，达尔文和艾玛结婚了。这个婚姻完全是理性和功利的决定，缺乏浪漫和激情。他们共同育有十个孩子，虽然有三人夭折，另有三人未曾有后代，但剩下的七个孩子都长寿健康。即便如此，达尔文的婚姻算得上幸福美满。人们普遍认为，若没有艾玛的支持，达尔文也许难以取得如此丰硕的学术成果。尽管艾玛信教而不认同进化论，但她依然在丈夫写作期间为他抄写书稿、校对错别字。达尔文自己不信教，每周日早晨，他总是送妻子和孩子们去教堂，而自己则去散步。1859年，《物种起源》出版，1871年，《人类的由来》也相继问世。在达尔文的三女儿结婚前，他曾告诉她：我拥有一个幸福的人生，这一切都是你母亲的功劳。你要以你母亲为榜样，记住你丈夫对你的爱，就如同我对你母亲的爱。