如果说晚清时期最具有影响力的国内事件，那无疑就是“庚子事变”，也就是义和团运动。这场运动最初由山东和直隶一带的义和拳、民间秘密结社及习武组织发展而来。义和团是一个具有浓厚爱国主义情怀的民间武装组织，成员大多受到社会压迫。虽然他们心怀爱国，但由于缺乏理性思考，且迷信成分严重，导致他们的行动不仅极具煽动性，还具有极强的破坏力。

义和团通过大量宣传，宣扬自己具备“神功护体、刀枪不入”的神奇力量。这种说法被传得沸沸扬扬，很多信徒被彻底洗脑，认为西方的枪炮是“妖魔邪术”，只要心诚念咒，手持狗血污秽物，就能免疫刀枪。如果真的被杀害，那就说明“心不诚”，与“神功”的效果无关。

后来，义和团提出了“扶清灭洋”的口号，试图借此得到清政府的支持。山东巡抚毓贤不断上奏陈情，恳求朝廷招安义和团。慈禧太后虽然心存疑虑，但还是派了军机大臣刚毅和顺天府尹赵舒翘前去调查。两人回报说，义和团“拳民忠贞，神术可用”，这使得清政府渐渐开始接纳并支持义和团。得到清政府的默许后，义和团的行为愈发肆无忌惮，他们毁坏大量教堂，屠杀不少外国人，甚至杀害了很多被视为“二鬼子”的人。这导致西方列强纷纷施加压力，派遣军舰驶至天津大沽口，准备通过武力干涉中国事务。

1900年5月28日，西方列强根据北京西什库教堂主教樊国梁的建议，提出派遣“使馆卫队”进入北京，最初清政府拒绝了这一要求。但在西方列强的压力下，最终清政府不得不在5月31日同意此事，然而提出每个使馆只能派二三十人。然而，列强实际派遣了超过400人进入北京，远超清政府的设限。

接着，西方联军派遣了由西摩尔指挥的2000人进入北京，这一举动对清政府构成了极大的威胁。面对外敌的压力，部分清朝亲王如庄亲王载勋、端郡王载漪等人强烈建议使用义和团抵抗外军。6月21日，慈禧太后对包括英国、法国、美国、俄罗斯、德国、日本等11国宣战，并命令义和团和清军联手攻打东交民巷的外国使馆区。更有传言称，清政府还开出了巨额赏金：“杀一洋人赏五十两，洋妇四十两，洋孩三十两。”于是，数万义和团与清军联合，挥刀举枪，气势汹汹地向东交民巷进发。

当时，东交民巷使馆区内的外国人数只有约1400人，其中洋士兵仅有500人，且他们的武器仅是步枪，军备匮乏，没有足够的粮食和弹药。虽然使馆区的外国联军依靠坚固的防御工事顽强抵抗，但面对清军和义和团的猛攻，局势依然艰难。

在这期间，荣禄密令清军对使馆区采取“明攻暗保”策略，并在7月18日至28日以及8月3日至4日两次进行休战。在休战期间，清军还向使馆区运送米、面、蔬菜和西瓜等物品，以表示慰问。然而，尽管义和团在这场战斗中付出了巨大的生命代价，最终他们并没有成功占领东交民巷，战斗持续了56天，虽然他们击毙了43名联军士兵，打伤了152人，但依然无法打破外国联军的防线。

随着八国联军的进军，北京陷入了更深的危机，慈禧太后不得不仓皇出逃。她在出逃时发布上谕，将所有责任推给了义和团，并命令各地清军剿杀义和团。经过中外联合军事力量的围剿，义和团的组织几乎全部被消灭。